Nắm rõ cách tính thuế xuất nhập khẩu là yêu cầu cơ bản đối với nhân sự làm nghề chứng từ và doanh nghiệp có hoạt động giao thương quốc tế. Việc xác định đúng số tiền thuế giúp doanh nghiệp chủ động ngân sách và định giá thành sản phẩm chính xác. Ngược lại, tính toán sai lệch dễ dẫn đến rủi ro bị truy thu, xử phạt hoặc chậm tiến độ giải phóng hàng. Bài viết dưới đây sẽ làm rõ các căn cứ pháp lý và nghiệp vụ thực tế liên quan đến thuế hải quan.
Thuế Xuất Nhập Khẩu Là Gì?
Thuế xuất nhập khẩu là loại thuế gián thu áp dụng đối với hàng hóa được phép xuất khẩu, nhập khẩu qua biên giới Việt Nam. Khoản thuế này là công cụ điều tiết vĩ mô, giúp cân bằng cán cân thương mại và bảo hộ sản xuất trong nước theo định hướng của Nhà nước.
Khi tờ khai hải quan điện tử được truyền và tiếp nhận, hệ thống hải quan xử lý thông tin khai báo và xác định các chỉ tiêu, nghĩa vụ thuế theo dữ liệu và chính sách áp dụng. Tuy nhiên, người khai hải quan vẫn phải chủ động nắm vững cách tính thuế xuất nhập khẩu, từ đó rà soát chuẩn xác trị giá tính thuế, mã HS, thuế suất và các chính sách liên quan để kiểm soát sai sót trước khi tờ khai được phân luồng.

Thuế xuất nhập khẩu áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu vào Việt Nam
Các Loại Thuế Phải Nộp Khi Xuất Nhập Khẩu Hàng Hóa
Các Loại Thuế Phải Nộp Khi Xuất Nhập Khẩu Hàng Hóa
Tùy thuộc vào bản chất hàng hóa và hướng di chuyển, lô hàng sẽ phải chịu các sắc thuế khác nhau. Việc xác định đầy đủ và chính xác các khoản thu này là bước cơ sở bắt buộc trước khi doanh nghiệp áp dụng cách tính thuế xuất nhập khẩu cho tờ khai của mình.
Đối với hàng nhập khẩu
Hàng hóa nhập khẩu thường chịu nhiều khoản thuế nhằm quản lý chất lượng và mặt bằng giá trong nước. Các sắc thuế phổ biến gồm:
- Thuế nhập khẩu (áp dụng mức thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt hoặc thông thường).
- Thuế giá trị gia tăng (VAT) hàng nhập khẩu.
- Thuế tiêu thụ đặc biệt (thường áp dụng cho rượu bia, thuốc lá, xe ô tô).
- Thuế bảo vệ môi trường (áp dụng cho than đá, xăng dầu, túi ni lông).
- Thuế phòng vệ thương mại (thuế chống bán phá giá, chống trợ cấp, tự vệ).
Đối với hàng xuất khẩu
Không phải hàng hóa xuất khẩu nào cũng chịu thuế. Thuế xuất khẩu chỉ áp dụng đối với những mặt hàng thuộc diện chịu thuế theo Biểu thuế xuất khẩu hiện hành. Đa phần nhóm hàng chịu thuế là tài nguyên khoáng sản thô chưa qua chế biến. Doanh nghiệp cần xác định đúng mã HS và đối chiếu với biểu thuế để kiểm tra xem lô hàng của mình có phát sinh thuế xuất khẩu hay không.
Các Yếu Tố Ảnh Hưởng Đến Thuế Xuất Nhập Khẩu
Để xác định đúng nghĩa vụ thuế, người làm chứng từ cần rà soát các yếu tố quan trọng của lô hàng, trong đó có trị giá hải quan, mã HS và xuất xứ hàng hóa.
Trị giá hải quan
Trị giá hải quan là cơ sở trực tiếp để xác định số thuế phải nộp. Đối với hàng nhập khẩu, trị giá này được xác định theo các phương pháp quy định của pháp luật.
Khi áp dụng phương pháp trị giá giao dịch, kế toán không chỉ nhìn vào điều kiện Incoterms hay giá trên hóa đơn thương mại (Commercial Invoice). Bạn cần xác định giá thực tế đã thanh toán hoặc sẽ phải thanh toán, đồng thời xem xét các khoản cộng/trừ điều chỉnh theo đúng quy định.
Mã HS (HS Code)
Mã HS là cơ sở để tra cứu thuế suất và chính sách quản lý mặt hàng. Việc phân loại phải tuân thủ quy tắc của Hệ thống hài hòa, căn cứ vào tính chất, thành phần, cấu tạo và tài liệu kỹ thuật thực tế của hàng hóa.
Xuất xứ hàng hóa (C/O)
Xuất xứ hàng hóa ảnh hưởng trực tiếp đến việc lô hàng có được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt hay không. Doanh nghiệp cần xác định đúng Hiệp định thương mại (FTA), điều kiện xuất xứ và loại chứng từ được chấp nhận tương ứng để nộp cho cơ quan hải quan.

Các yếu tố ảnh hưởng đến thuế nhập khẩu
Công Thức Tính Thuế Nhập Khẩu Chi Tiết
Theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, cách tính thuế xuất nhập khẩu được thực hiện dựa trên căn cứ và phương pháp tính thuế áp dụng tùy theo từng trường hợp cụ thể của hàng hóa. Cơ quan quản lý sẽ áp dụng phương pháp tỷ lệ phần trăm, phương pháp tuyệt đối hoặc phương pháp hỗn hợp.
Trình tự xác định các loại thuế nhập khẩu
Không có một nguyên tắc chung áp dụng cho mọi trường hợp. Thay vào đó, nhân sự khai báo cần xác định giá tính thuế của từng sắc thuế theo đúng luật pháp chuyên ngành tương ứng.
Đối với phương pháp tỷ lệ phần trăm, các sắc thuế được xác định theo trình tự sau:
- Thuế nhập khẩu: Bằng Số lượng hàng hóa thực tế × Giá tính thuế trên một đơn vị hàng hóa × Thuế suất thuế nhập khẩu.
- Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) và Bảo vệ môi trường (BVMT): Nếu hàng hóa thuộc đối tượng chịu các sắc thuế này, giá tính thuế sẽ được thực hiện theo Luật Thuế TTĐB và Luật Thuế BVMT.
- Thuế giá trị gia tăng (VAT): Cập nhật theo Luật Thuế GTGT 2024 (có hiệu lực từ ngày 01/07/2025), giá tính thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu được xác định như sau: Giá tính thuế VAT = Trị giá tính thuế nhập khẩu + Thuế nhập khẩu + Thuế nhập khẩu bổ sung (nếu có) + Thuế TTĐB (nếu có) + Thuế BVMT (nếu có). Doanh nghiệp lấy tổng giá trị này nhân với thuế suất VAT tương ứng để ra số tiền thuế GTGT phải nộp.
Cách Tính Thuế Xuất Khẩu
Với các mặt hàng thuộc diện chịu thuế theo tỷ lệ phần trăm, quy trình tính toán dựa trên công thức cơ bản sau: Thuế xuất khẩu = Trị giá tính thuế × Thuế suất thuế xuất khẩu.
Về tỷ giá ngoại tệ, trường hợp giá tính thuế được xác định bằng ngoại tệ, doanh nghiệp thực hiện quy đổi sang đồng Việt Nam theo tỷ giá tính thuế áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai theo quy định của pháp luật hải quan.
See more: Hướng Dẫn Thủ Tục Xuất Khẩu Thực Phẩm Mới Nhất Cho Doanh Nghiệp
Cách Tra Cứu Thuế Suất Xuất Nhập Khẩu Chính Xác
Để đảm bảo kết quả chính xác, việc tra cứu thuế suất cần tuân thủ các bước dưới đây:
- Bước 1 – Phân tích kỹ thuật: Thu thập đầy đủ thành phần, vật liệu, thông số kỹ thuật và catalogue của sản phẩm.
- Bước 2 – Xác định mã HS và biểu thuế: Đối chiếu hàng hóa với Biểu thuế xuất nhập khẩu quy định tại Nghị định 26/2023/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 108/2025/NĐ-CP). Kiểm tra xem hàng hóa có thuộc Chương 98, áp dụng mức thuế tuyệt đối, hỗn hợp hay hạn ngạch thuế quan không.
- Bước 3 – Rà soát FTA: Kiểm tra các điều kiện để được hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo từng hiệp định thương mại cụ thể.
- Bước 4 – Đề nghị xác định trước mã số: Đối với mặt hàng phức tạp, doanh nghiệp có thể đề nghị xác định trước mã số trước khi thực hiện thủ tục hải quan để chủ động trong việc phân loại hàng hóa và xác định thuế suất.
Những Sai Lầm Thường Gặp Khi Tính Thuế Xuất Nhập Khẩu
Quá trình làm thủ tục hải quan rất dễ phát sinh sai sót nếu nhân sự chứng từ không nắm vững cách tính thuế xuất nhập khẩu và các nghiệp vụ liên quan.
Áp sai mã HS hàng hóa
Việc phân loại sai mã HS sẽ dẫn đến rủi ro về thuế suất. Khi cơ quan hải quan kiểm tra và phát hiện việc phân loại hàng hóa chưa phù hợp, doanh nghiệp phải thực hiện khai bổ sung. Nếu việc này dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, doanh nghiệp sẽ phải nộp đủ số tiền thuế truy thu và bị xử lý vi phạm hành chính theo quy định.
Sai sót trong các khoản điều chỉnh trị giá hải quan
Việc xác định trị giá tính thuế cần rà soát kỹ các điều kiện giao hàng và các khoản cộng/trừ theo pháp luật về trị giá hải quan. Với hàng nhập khẩu theo điều kiện FOB, doanh nghiệp cần rà soát các khoản chi phí và khoản điều chỉnh liên quan để xác định trị giá hải quan theo quy định. Không nên mặc định mọi khoản Local Charges đều phải cộng hoặc không phải cộng chỉ dựa trên điều kiện FOB.
Tương tự, các khoản phí bản quyền (Royalty fee) hoặc chi phí khuôn mẫu chỉ được cộng vào trị giá hải quan khi đáp ứng đủ các điều kiện luật định.
Rủi ro về chứng từ xuất xứ (C/O)
Khi C/O không hợp lệ (sai tiêu chí xuất xứ, thông tin không khớp với bộ chứng từ hoặc không đáp ứng các điều kiện của Hiệp định thương mại), lô hàng sẽ không được hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt. Doanh nghiệp sẽ phải áp dụng mức thuế suất ưu đãi thông thường (MFN) hoặc thuế suất thông thường, làm thay đổi bài toán chi phí so với dự tính ban đầu.

Cảng container – nơi diễn ra hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa
See more: Quy Trình Nhập Khẩu Hàng Hóa Bằng Đường Hàng Không
Cách Giảm Chi Phí Thuế Xuất Nhập Khẩu Hợp Pháp
Tối ưu chi phí thuế đòi hỏi sự hiểu biết sâu về chuỗi cung ứng và chính sách pháp luật hiện hành.
Chủ động rà soát C/O từ đối tác
Từ khâu soạn thảo hợp đồng, doanh nghiệp cần làm rõ nghĩa vụ cung cấp C/O của nhà xuất khẩu. Đội ngũ chứng từ nên kiểm tra kỹ bản nháp (draft C/O) trước khi hàng lên tàu để kịp thời sửa lỗi, đảm bảo C/O đáp ứng đủ điều kiện hưởng ưu đãi.
Đánh giá tổng chi phí theo FTA
Cùng một mặt hàng, thuế suất nhập khẩu có thể khác nhau tùy thuộc vào mã HS, xuất xứ và điều kiện hưởng ưu đãi theo từng FTA. Vì vậy, khi lựa chọn nguồn cung, doanh nghiệp nên đánh giá tổng chi phí nhập khẩu thay vì chỉ so sánh giá mua trên hóa đơn.
Áp dụng đúng mã loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu
Mã E21 dùng cho nhập nguyên liệu, vật tư để gia công cho thương nhân nước ngoài; E31 dùng cho nhập nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu. Việc áp dụng các mã loại hình này phải phù hợp với mục đích nhập khẩu và chính sách thuế, quản lý tương ứng.
Doanh nghiệp cần đáp ứng các điều kiện theo quy định và thực hiện đầy đủ yêu cầu về quản lý, sử dụng nguyên liệu, vật tư, sản phẩm và hồ sơ hải quan.
Kết luận
Nắm vững cách tính thuế xuất nhập khẩu và cập nhật kịp thời các văn bản pháp luật mới nhất là chìa khóa giúp doanh nghiệp kiểm soát rủi ro tài chính. Bằng việc định giá đúng trị giá hải quan, phân loại chuẩn mã HS và vận dụng tốt các điều kiện xuất xứ, doanh nghiệp sẽ tối ưu được chi phí logistics theo đúng hành lang pháp lý.
Với đội ngũ chuyên gia am hiểu pháp luật hải quan và dày dạn kinh nghiệm thực chiến, Air & Sea Global luôn sẵn sàng đồng hành, tư vấn giải pháp xuất nhập khẩu chuyên sâu, giúp quy trình thông quan của doanh nghiệp diễn ra thuận lợi, minh bạch và hiệu quả.