Giao thương quốc tế đòi hỏi doanh nghiệp phải tuân thủ nghiêm ngặt các tiêu chuẩn pháp lý tại cửa khẩu. Đối với chiều xuất khẩu, việc nắm vững quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu giúp bộ phận chứng từ (Docs) và hiện trường (Ops) chủ động hoàn thiện hồ sơ, hạn chế tối đa rủi ro nhỡ chuyến tàu (missed vessel) do chậm giờ cắt máng (cut-off time). Bài viết dưới đây của Air and Sea Global sẽ phân tích chi tiết quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu, bộ hồ sơ cần chuẩn bị và những lưu ý quan trọng trong quá trình thông quan.
Mục Lục
ToggleQuy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu là gì?
Khai báo hải quan hàng xuất khẩu là nghĩa vụ pháp lý bắt buộc đối với chủ hàng (hoặc đại lý được ủy quyền) khi muốn đưa hàng hóa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam. Quá trình này bao gồm việc kê khai dữ liệu lô hàng, xuất trình chứng từ hợp lệ lên hệ thống hải quan điện tử (VNACCS/VCIS) nhằm mục đích kiểm soát an ninh, thống kê kim ngạch thương mại và thực thi các chính sách quản lý hàng hóa của nhà nước.
Khác với quy trình nhập khẩu tập trung nhiều vào việc thu thuế và kiểm định chất lượng, quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu được chính phủ tạo điều kiện thông thoáng hơn nhằm khuyến khích doanh nghiệp đưa hàng hóa Việt Nam vươn ra toàn cầu. Tuy nhiên, sự thông thoáng này không đồng nghĩa với việc nới lỏng giám sát đối với các mặt hàng thuộc diện quản lý đặc biệt.

Quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu tại Việt Nam đi các nước
Hồ sơ khai báo hải quan hàng xuất khẩu gồm những gì?
Việc chuẩn bị chứng từ đầy đủ và chính xác ảnh hưởng trực tiếp đến tốc độ xử lý tờ khai cũng như quá trình đối chiếu hồ sơ của cơ quan hải quan khi lô hàng bị phân luồng kiểm tra. Theo Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 38/2015/TT-BTC, hồ sơ khai báo hải quan hàng xuất khẩu thường được chia thành các nhóm chứng từ chính sau:
Các chứng từ thương mại và giao nhận hàng xuất khẩu
Đây là bộ chứng từ cơ bản được sử dụng để khai báo thông tin hàng hóa trên hệ thống hải quan điện tử VNACCS/VCIS.
Các chứng từ thường bao gồm:
- Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) dùng để thể hiện thông tin thanh toán, trị giá và nội dung hàng hóa xuất khẩu. Với một số trường hợp phi mậu dịch, doanh nghiệp có thể sử dụng Proforma Invoice tùy theo tính chất lô hàng.
- Phiếu đóng gói hàng hóa (Packing List) thể hiện số lượng kiện, quy cách đóng gói, trọng lượng và thể tích hàng hóa nhằm phục vụ đối chiếu hồ sơ và kiểm hóa thực tế khi cần thiết.
- Booking Confirmation hoặc Booking Note từ hãng tàu/hãng bay để xác nhận thông tin chuyến vận chuyển, cảng đi, cảng đến và thời gian cắt máng.
- Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract) phục vụ việc đối chiếu điều kiện giao hàng, phương thức thanh toán và thông tin giao dịch trong một số trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra bổ sung.
Nhóm hồ sơ pháp lý và kiểm tra chuyên ngành:
Đối với các mặt hàng xuất khẩu thuộc diện quản lý chuyên ngành hoặc xuất khẩu có điều kiện, doanh nghiệp cần bổ sung thêm các chứng từ liên quan theo quy định hiện hành.
Một số hồ sơ phổ biến gồm:
- Giấy phép xuất khẩu đối với các mặt hàng thuộc danh mục quản lý hoặc hạn chế xuất khẩu.
- Giấy chứng nhận chất lượng, chứng thư phân tích thành phần hoặc các hồ sơ kỹ thuật theo yêu cầu quản lý của từng nhóm hàng hóa.
- Hồ sơ chứng minh điều kiện kinh doanh xuất khẩu đối với các ngành nghề có điều kiện theo quy định pháp luật.
Nếu thiếu các chứng từ chuyên ngành cần thiết, tờ khai có thể chưa đủ điều kiện thông quan hoặc bị yêu cầu bổ sung hồ sơ trong quá trình xử lý.
Nhóm chứng từ phục vụ xuất khẩu và giao hàng quốc tế
Ngoài hồ sơ hải quan, doanh nghiệp cũng cần chuẩn bị thêm các chứng từ phục vụ vận chuyển quốc tế và yêu cầu nhập khẩu từ phía nước ngoài.
Các chứng từ thường gặp gồm:
- Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) do các cơ quan hoặc tổ chức được Bộ Công Thương ủy quyền cấp nhằm hỗ trợ người nhập khẩu hưởng ưu đãi thuế quan theo các hiệp định thương mại tự do.
- Giấy chứng nhận kiểm dịch động thực vật đối với các mặt hàng nông sản, thực phẩm, nguyên liệu có yêu cầu kiểm dịch.
- Giấy chứng nhận hun trùng đối với hàng hóa sử dụng pallet gỗ, bao bì gỗ hoặc sản phẩm có nguồn gốc thực vật.
- Bảng dữ liệu an toàn hóa chất (MSDS) thường được hãng tàu, hãng bay hoặc đơn vị vận chuyển yêu cầu đối với hàng hóa thuộc nhóm hóa chất hoặc hàng nguy hiểm.
Hiện nay, phần lớn chứng từ được thực hiện dưới hình thức điện tử thông qua hệ thống hải quan. Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ nội dung và chất lượng file scan trước khi upload nhằm hạn chế phát sinh yêu cầu bổ sung hoặc kéo dài thời gian xử lý tờ khai.
Các bước thông quan hàng xuất khẩu chi tiết
Một quy trình khai báo lô hàng xuất khẩu tiêu chuẩn trên hệ thống phần mềm hải quan điện tử (ECUS5/VNACCS) thường được triển khai theo các bước nghiệp vụ sau đây:
Bước 1: Chuẩn bị và rà soát bộ chứng từ xuất khẩu
Đây là bước tiền đề mang tính quyết định đối với toàn bộ tiến độ thông quan. Việc chuẩn bị hồ sơ lỏng lẻo hoặc sai lệch số liệu sẽ dẫn đến rủi ro tờ khai bị bẻ luồng Đỏ, hoặc doanh nghiệp phải tốn thời gian truyền sửa đổi tờ khai (khai bổ sung AMA) sau khi đã phân luồng, gây ảnh hưởng trực tiếp đến thời gian hạ bãi và vào sổ tàu.
Tại bước này, nhân viên chứng từ cần tập hợp đầy đủ Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), Phiếu đóng gói (Packing List), Thỏa thuận lưu khoang (Booking Note) và tiến hành rà soát chéo (cross-check) tính logic của dữ liệu:
- Đối chiếu số liệu vận tải: Trọng lượng cả bì (Gross Weight), số khối (CBM) và số lượng kiện hàng trên Packing List phải khớp tuyệt đối với thông tin trên Booking Note và Phiếu xác nhận khối lượng toàn tải (VGM).
- Chuẩn hóa mô tả hàng hóa và mã HS: Tên hàng trên Invoice phải rõ ràng, thể hiện đúng bản chất để xác định đúng mã HS code của hàng hóa, qua đó dự trù mặt hàng có thuộc diện nộp thuế hay cần xin giấy phép chuyên ngành không.
- Kiểm tra tính hợp lệ của chứng từ bổ trợ: Đảm bảo các giấy phép xuất khẩu, chứng nhận kiểm dịch hoặc hun trùng (nếu có) được cấp đúng form mẫu và còn hiệu lực trước ngày tàu chạy (ETD).
Bước 2: Lên Draft tờ khai trên phần mềm hải quan
Căn cứ vào bộ chứng từ đã được rà soát kỹ trước khi truyền tờ khai chính thức, nhân viên khai báo tiến hành nhập liệu vào phần mềm hải quan điện tử. Thao tác mang tính quyết định ở bước này là xác định lại mã HS Code và kiểm tra các tiêu chí về cảng xếp hàng (POL), cảng dỡ hàng (POD). Sau khi điền đủ tiêu chí, nhân viên sẽ xuất tờ khai nháp (Draft) để kiểm tra tổng thể một lần cuối trước khi tiến hành ký điện tử.

Mẫu tờ khai hải quan xuất khẩu
Bước 3: Truyền dữ liệu và nhận kết quả phân luồng
Sử dụng chữ ký số (Token), người khai hải quan truyền dữ liệu chính thức lên hệ thống của Tổng cục Hải quan. Sau khi tiếp nhận dữ liệu, hệ thống sẽ tự động trả kết quả phân luồng tờ khai và trả về một trong ba kết quả:
- Luồng Xanh (Mã 1): Tờ khai được hệ thống chấp nhận thông quan tự động. Nhân viên chỉ cần in tờ khai mã vạch để tiến hành các bước tiếp theo.
- Luồng Vàng (Mã 2): Hệ thống yêu cầu kiểm tra chi tiết hồ sơ chứng từ.
- Luồng Đỏ (Mã 3): Lô hàng bị đánh giá có rủi ro, yêu cầu kiểm tra chi tiết hồ sơ giấy kết hợp kiểm tra thực tế hàng hóa (kiểm hóa) tại bãi cảng.
Bước 4: Xử lý nghiệp vụ tại chi cục hải quan (Hiện trường) Tùy thuộc vào kết quả phân luồng, đội ngũ hiện trường (Ops) sẽ có phương án xử lý tương ứng:
- Đối với Luồng Vàng: Đính kèm bộ chứng từ bản scan (đã ký số) lên hệ thống V5 của hải quan, hoặc mang hồ sơ giấy xuống trực tiếp chi cục quản lý để cán bộ đối chiếu.
- Đối với Luồng Đỏ: Ngoài việc xuất trình hồ sơ, doanh nghiệp phải sắp xếp chuyển container vào khu vực kiểm hóa, tiến hành cắt chì, mở cửa cont để cán bộ hải quan trực tiếp kiểm tra thủ công (hoặc soi chiếu X-ray). Tỷ lệ kiểm hóa dao động từ 5%, 10% đến 100% lô hàng. Nếu hàng hóa thực tế đúng như khai báo, hải quan sẽ xác nhận thông quan cho lô hàng.
Bước 5: Thực hiện nghĩa vụ thuế và lệ phí hải quan
Mặc dù phần lớn hàng hóa xuất khẩu được nhà nước khuyến khích với mức thuế suất 0%, nhưng đối với một số ít mặt hàng chịu thuế xuất khẩu (như khoáng sản thô, tài nguyên rừng), doanh nghiệp bắt buộc phải hoàn thành việc nộp thuế vào ngân sách nhà nước thì tờ khai mới đủ điều kiện thông quan. Ngoài ra, mọi tờ khai đều phải nộp khoản Lệ phí hải quan (hiện hành là 20.000 VNĐ/tờ khai) thông qua cổng thanh toán điện tử 24/7.
Bước 6: Thanh lý tờ khai và qua khu vực giám sát (Vào sổ tàu)
Sau khi tờ khai hiển thị trạng thái “Thông quan”, nhân viên giao nhận tiến hành in tờ khai hải quan cùng “Mã vạch danh sách container đủ điều kiện qua khu vực giám sát”. Bộ hồ sơ này được nộp cho bộ phận giám sát hải quan tại cổng cảng để thanh lý tờ khai và xác nhận hàng hóa đưa vào khu vực chờ xuất (vào sổ tàu).
See more: Dịch vụ tư vấn khai báo hải quan uy tín, chất lượng hiện nay
Các loại thuế phí áp dụng đối với hàng xuất khẩu
Nhằm thúc đẩy giao thương quốc tế, chính sách nhà nước luôn dành những ưu đãi lớn về thuế quan cho hàng xuất khẩu. Khi thông quan, doanh nghiệp cần lưu ý 4 khoản thuế, phí chính sau:
- Thuế xuất khẩu (Export Duty): Đa số hàng hóa xuất khẩu được hưởng mức thuế suất 0%. Cơ quan hải quan chỉ thu thuế xuất khẩu đối với các nhóm hàng cần bảo vệ tài nguyên hoặc hạn chế xuất thô (như khoáng sản, than đá, phế liệu, gỗ rừng tự nhiên). Mức thuế cụ thể được tra cứu theo mã HS Code hiện hành.
- Thuế Giá trị gia tăng (VAT): Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài (hoặc vào khu phi thuế quan) được áp dụng mức thuế suất VAT 0%.
Lưu ý nghiệp vụ: “Thuế VAT 0%” hoàn toàn khác với “Không chịu thuế”. Việc áp dụng mức 0% cho phép doanh nghiệp xin hoàn thuế GTGT đầu vào của các chi phí tạo ra lô hàng đó. Để hoàn thuế, tờ khai hải quan đã thông quan là chứng từ pháp lý bắt buộc.
- Lệ phí làm thủ tục hải quan: Đây là khoản thu cố định 20.000 VNĐ/tờ khai nộp cho Kho bạc Nhà nước. Doanh nghiệp thực hiện nộp trực tuyến qua Cổng thanh toán 24/7. Hệ thống chỉ chuyển trạng thái “Thông quan” khi lệ phí đã được gạch nợ thành công.
- Phí sử dụng hạ tầng cảng biển: Khoản phí này do Hội đồng nhân dân cấp tỉnh/thành phố ban hành (hiện áp dụng tại Hải Phòng, TP.HCM…) nhằm bảo trì hệ thống giao thông quanh cảng. Phí được tính theo loại container (20ft, 40ft) hoặc theo tấn (hàng LCL). Doanh nghiệp cần hoàn tất nghĩa vụ phí hạ tầng cảng biển theo quy định trước khi đưa hàng vào khu vực giám sát.

Hàng hóa xuất khẩu tại cảng
Những lưu ý quan trọng khi khai báo hải quan hàng xuất khẩu
Trong quá trình thực hiện quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu, doanh nghiệp cần kiểm soát chặt chẽ chứng từ, tiến độ xử lý và dữ liệu khai báo để hạn chế phát sinh sự cố khi thông quan. Dưới đây là những vấn đề quan trọng cần đặc biệt lưu ý:
- Kiểm soát thời gian cắt máng (Cut-off time):Mỗi chuyến tàu đều có quy định thời hạn chốt nhận hàng và chốt tờ khai thông quan. Doanh nghiệp cần truyền tờ khai và xử lý các vấn đề phát sinh hoàn tất trước mốc thời gian này. Việc thông quan chậm trễ sẽ dẫn đến rớt hàng (Roll cargo) sang chuyến sau, gây phát sinh chi phí lưu bãi.
- Đồng bộ dữ liệu trọng lượng: Trọng lượng hàng hóa (Gross Weight) khai báo trên tờ khai hải quan phải khớp tuyệt đối với số liệu trên chứng từ VGM (Phiếu xác nhận khối lượng toàn tải của container). Bất kỳ sự chênh lệch nào vượt quá dung sai cho phép đều khiến lô hàng bị hãng tàu từ chối bốc xếp.
- Tính nhất quán của mô tả hàng hóa: Tên hàng khai báo trên phần mềm hải quan không được phép dùng các từ ngữ chung chung, mơ hồ. Cần khai báo rõ ràng tên gọi, nhãn hiệu, quy cách, chất liệu theo đúng thực tế sản xuất để tránh bị hải quan yêu cầu bẻ luồng kiểm tra thực tế.
Những lỗi thường gặp khi doanh nghiệp làm thủ tục xuất khẩu
Trong thực tế vận hành, việc tự thực hiện quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu thường vấp phải những lỗi kỹ thuật gây tổn thất tài chính lớn. Nếu không kiểm soát tốt chứng từ và tiến độ xử lý, doanh nghiệp rất dễ gặp phải các lỗi dưới đây:
- Sai mã cảng xếp hàng (Port of Loading) hoặc mã cảng đích (Port of Discharge): Phần mềm ECUS cung cấp hàng nghìn mã cảng khác nhau. Việc chọn sai mã cảng hải quan quản lý sẽ khiến doanh nghiệp phải hủy tờ khai cũ, truyền lại tờ khai mới, mất rất nhiều thời gian giải trình.
- Khai báo sai định mức đối với loại hình gia công hoặc sản xuất xuất khẩu: Đây là lỗi thường gặp tại các doanh nghiệp sản xuất. Việc quản lý mã nguyên phụ liệu và mã thành phẩm không đồng nhất với định mức đã đăng ký có thể dẫn đến chênh lệch số liệu trong quá trình quyết toán và kiểm tra sau thông quan của cơ quan hải quan.
- Không xin giấy phép chuyên ngành trước khi xuất khẩu: Nhiều doanh nghiệp đưa hàng ra đến cảng mới phát hiện mặt hàng (ví dụ: khoáng sản, thiết bị mật mã dân sự) cần có giấy phép xuất khẩu của bộ ban ngành. Việc xin giấy phép luôn mất từ vài ngày đến vài tuần, khiến lô hàng buộc phải nằm lưu bãi tại cảng xuất.
Kinh nghiệm giúp thông quan hàng xuất khẩu nhanh chóng
Để tối ưu quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu và đảm bảo lô hàng được thông quan đúng tiến độ, doanh nghiệp cần chủ động kiểm soát chứng từ và thời gian xử lý ngay từ đầu. Việc phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận sản xuất, chứng từ và vận chuyển sẽ giúp hạn chế đáng kể các phát sinh trong quá trình xuất khẩu hàng hóa.
- Thực hiện rà soát chứng từ sớm: Ngay khi nhà máy chốt được số lượng đóng gói, bộ phận chứng từ cần lên ngay Draft Invoice và Packing List để đối chiếu với Booking Note. Việc phát hiện sớm các sai lệch về số lượng, số seal, số container giúp quá trình lên tờ khai nháp chính xác 100%.
- Chủ động đăng ký kiểm tra chuyên ngành: Đối với các mặt hàng cần hun trùng hay kiểm dịch thực vật, doanh nghiệp nên liên hệ với các đơn vị giám định để tiến hành lấy mẫu và cấp chứng nhận ngay khi hàng hóa vừa đóng xong tại kho hoặc vừa hạ bãi cảng.
Dịch vụ khai báo hải quan hàng xuất khẩu tại Air and Sea Global
Việc thực hiện quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu đòi hỏi doanh nghiệp phải kiểm soát tốt chứng từ, tiến độ thông quan và các yêu cầu pháp lý liên quan. Chỉ một sai sót nhỏ trong quá trình khai báo cũng có thể ảnh hưởng đến kế hoạch giao hàng và lịch tàu.
Air & Sea Global cung cấp dịch vụ khai báo hải quan hàng xuất khẩu chuyên nghiệp, hỗ trợ doanh nghiệp trong toàn bộ quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu từ rà soát chứng từ, tư vấn mã HS Code đến xử lý thủ tục hiện trường tại cảng biển và sân bay.
Đồng thời, đội ngũ ASG theo sát tiến độ thông quan và vận chuyển nhằm hạn chế phát sinh chi phí và hỗ trợ doanh nghiệp xuất hàng đúng kế hoạch.Contact Air & Sea Global để được tư vấn giải pháp khai báo hải quan và vận chuyển quốc tế phù hợp với nhu cầu doanh nghiệp.